幻影沙漏是任天堂为NDS平台精心打造的塞尔达传说系列作品，以其创新的全触屏操作方式重新定义了游戏体验。玩家只需通过触摸屏幕就能操控主角林克完成各种动作——轻触移动、画圈翻滚、滑动攻击，让冒险变得更加直观有趣。游戏延续了《风之杖》的剧情，讲述林克为营救泰特拉而展开的海上奇幻之旅。除了经典解谜元素外，本作还加入了眩晕、拼剑等全新玩法机制，以及可自由标注的互动地图系统，为玩家带来前所未有的沉浸式体验。独特的海王神殿挑战和船部件收集系统更增添了游戏深度。
《塞尔达传说：幻影沙漏》作为NDS平台的独占作品，延续了《风之杖》的海洋世界观。故事从林克与海盗少女泰特拉发现幽灵船开始，在泰特拉被神秘力量掳走后，昏迷的林克被冲上布满古代遗迹的梅尔卡岛。苏醒后的林克获得妖精指引，驾驶蒸汽船穿越迷雾海域，在会说话的海王船帮助下逐步揭开幽灵舰队背后的阴谋。游戏巧妙融合航海探索与地牢解谜，通过NDS双屏设计实现实时地图标注功能，让玩家在广袤海域中不会迷失方向。
眩晕设计：《沙漏》的林克有一些历代林克都没有的特性。在游戏中如果让林克连续滚动四次，或者连续释放四次回旋斩，林克就会在原地眩晕一阵，样子非常可爱和人性化。这个设计在后作《灵魂轨迹》得到了继承。眩晕时林克会眼冒金星摇晃跌倒，此时敌人会暂时停止攻击，这种拟真反应让战斗更具策略性，玩家需要合理规划连招次数。
拼剑设计：在游戏中和一些敌人战斗的时候（朱莉安，最后形态贝拉姆），林克会在战斗中和敌人拼剑；出现这种情况的时候，玩家需要在屏幕上一通乱划，用划屏速度取得拼剑的胜利，弹开对方的武器。这种QTE式对决不仅考验反应速度，胜利后还能触发敌人硬直，为后续进攻创造绝佳机会，部分BOSS战必须通过拼剑才能造成有效伤害。
海王神殿：“海王神殿”是本作游戏中一座重要的神殿。在主线流程里，林克要反复到这座神殿冒险，不断探索更深处的楼层。海王神殿是会吸取探险者生命的神殿，林克只有在道具“幻影沙漏”的保护下才能安全在神殿中前进——直到沙漏的沙子流光为止。每次进入神殿沙漏时间都会重置，玩家需要规划好探索路线，后期获得沙漏升级后能延长探索时间，解开更深层的秘密。
地图，海图设定：《沙漏》的地图系统是历代最完善的地图系统。在历代作品中，地图只能供我们用眼睛去看，而《沙漏》颠覆了这一点。本作的地图和海图是可以显示在ds的触摸屏上的，玩家可以用触摸笔在地图上写写画画，记录一些重要的事项，甚至一些迷宫的走法。这个系统特别适合标记隐藏宝箱位置或迷宫机关解法，后期还能解锁不同颜色的墨水，让标注更加清晰直观。
三精灵设定：《沙漏》中侍奉海王大人的三只精灵，利芙，内利和雪拉，在林克的冒险中可以帮不少的忙。游戏中有一座有神秘水池的岛屿，在水池前献上足够的源玉（力量源玉，智慧源玉，勇气源玉），就可以让精灵们帮忙强化林克的能力了。每种源玉对应不同属性加成，力量源玉提升攻击力，智慧源玉延长沙漏时间，勇气源玉增加生命上限，玩家可以根据当前挑战自由搭配强化方向。
联机对战模式：《沙漏》中存在着靠联机，联网来进行的对战模式，算是系列第一次出现这样的模式——以前作品的联机方式需要多个卡带和联机线，联动条件十分苛刻；而利用ds的新系统，两个玩家有一个卡带就可以通过dsdownloadplay进行对战了。该模式支持最多4人乱斗，玩家可以操控不同颜色的林克在限定场地内争夺力量三角碎片，活用场景道具和剑技成为最后赢家。
船部件系统：包括最初始的样式，游戏中存在着八种船的样式，每一种样式都分为船头，栏杆，船舱，船身，船桨，大炮，船锚和烟囱八个部件。通过击败海怪或完成支线任务可获得稀有部件，不同组合会改变船只外观与性能，比如鲨鱼船头增加撞击伤害，黄金船身能抵御礁石损伤，玩家可以打造出独一无二的梦幻战舰。
